À la mort de son père, professeur au Muséum d’histoire naturelle de Paris et soi-disant biographe d’un certains capitaine Nemo, Louis Aronnax fait un précieux héritage. Il se voit remettre le manuscrit original de la célèbre relation de voyage  « Vingt mille lieues sous les mers », annoté et raturé.

Grand sceptique de l’histoire racontée par son père, il découvre néanmoins par hasard, dissimulé à l’intérieur, le plan d’un incroyable engin sous-marin. Au dos, de mystérieuses coordonnées semblent mener vers une île n’étant répertoriée sur aucune carte et perdue au beau milieu de l’Atlantique sud.

Persuadé de pouvoir ainsi retrouver le légendaire Nautilus et bien décidé à confronter le mythe à la réalité, il s’empresse de monter une expédition. Un armateur répond à son annonce en lui proposant  navire et équipage. Son étonnante connaissance des fonds marins finit de convaincre Louis, qui accepte, puis complète l’expédition avec une équipe d’explorateurs aguerris, la vôtre.

Après d’interminables journées en mer une île mystérieuse apparait à l’horizon…